古代淮河下游经今盱眙、淮阴、淮安、涟水、到云梯关独流入海。南宋初，黄河南徙，侵夺泗水及淮河下游河道。后来，泗水上游和淮阴以上的淮河成为黄河的支流。由于黄河泥沙的淤积，下游河床增高，淮河入黄困难，在汇流点之上形成洪泽湖。淮河成为没有尾闾的河流。1855年，黄河自河南省铜瓦厢决口，北徙山东，对淮河的直接干扰虽已基本解除，但留下一条淤高了的黄河故道，已不能再作为淮河的入海通道。沂、沭、泗各河被阻而分流入海，全河仍无尾闾，水灾十分严重。这是三个自然条件不同的时期，各时期的治淮内容也安全不同。
淮河独流入海时期（1128以前）。独流入海的淮河河道深阔，水流通畅，受海潮顶托，潮流可上溯到今洪泽湖区一带。中下游沿岸有众多的湖泊洼地，洪水季节可以自然调蓄，洪灾记载也很少。淮河地处黄河、长江两大流域之间，是南北来往的通路，南北分裂时，是军事争夺的重点场所，所以，古代淮河流域的航运和农田水利都很发达。
航运。公元前486年，吴国开挖邗沟，沟通了淮河和长江间的航运。公元前482年，吴北上争霸，在山东鱼台和定陶之间开挖了菏水，沟通了淮河支流泗水与济水间的航运，淮河由泗水经济水通黄河，第一次沟通了淮河和黄河。公元前361年，魏国开鸿沟，与淮河的支流丹水（后来称汴水）、睢水、水、沙水、颍水相通，在黄淮间形成了水运网。长时间内，淮河通过这些水道与黄河、长江，进而与海河、钱塘江和珠江各流域保持交通联系。东晋南北朝时，也曾开过自泗水北通济水、黄河的运河。隋代统一全国，修凿了以洛阳为中心的大运河，其中，自洛阳开通济渠入黄河，再由黄河引水向东南入淮河，也称汴渠，代替了旧汴水，成为全国交通的主干线。淮安与泗州间的淮河成为运河中的一段（见中国运河史）。北宋，在此段的右岸又先后开凿了沙河、洪泽新河、龟山运河，避开了淮河中的风险。历代，鸿沟水系和淮河支流颍、涡等河都是经常使用的航运通道。
农田水利。历史上，淮河流域曾修建了许多陂塘蓄水工程用于灌溉。其中，芍陂建于春秋楚庄王时，至今已近2600年。同时，河南固始一带引期思水（史灌河）建有期思陂。还有鸿隙陂位于今河南省淮河干流与汝河之间的正阳、息县一带。三国时，淮河是孙曹相争的前线，魏多次实行水利屯田，其中规模最大的是从正始二年(241)开始由邓艾主持的淮颍水利屯田，共组织五万士兵参加，由黄河引水到颍水流域各陂塘，既用于蓄水灌溉，又可通航，淮南灌区长达四百里。南北朝至隋唐，今洪泽湖附近，盱眙有破釜塘，宝应、淮安有白水塘、石鳖屯等有名灌区。《水经注》所描写的淮河南北多项人工渠道和蓄水陂塘，大多与屯田有关。唐代淮南还有富人、固本等大型塘堰灌区。
人为水灾。在淮河流域利用水作为战争攻防手段自春秋时已有记载。三国至南北朝期间就有十余次，以梁、陈与北魏对峙时期最为频繁。规模最大的一次是梁在淮河干流上为军事目的修筑浮山堰，当年为洪水冲毁，给下游人民带来巨大灾害。
黄河夺淮入海时期(1128～1855)。黄河南决夺淮入海，自西汉就有记载，但持续时间短。南宋建炎二年(1128)，黄河开始南徙，侵夺了淮河下游河道。以后400余年间，虽不断修筑堤防，堵塞决口，但河道一直分合不一，主流常在颍水、涡水、睢水、泗水等河道间不断变换，汇淮河入海，从此，淮北地区水灾严重、频繁，淮南农田水利也衰落萎缩。明代万历初年，潘季驯主持治理黄河，大筑两岸堤防系统，把黄河固定在开封、商丘、砀山、肖县至徐州入泗水一线上，由清口(今淮阴西)入淮河，经涟水至云梯关入海。在黄河夺淮的历史中，淮河干流和颍水以下的支流都受过侵夺，河床淤高，水系打乱，流域内灾害频繁。明清时，京杭运河在清口与黄淮相交，成为整治黄淮运三河的焦点，并以保证运河通航作为前提，工程复杂艰巨。潘季驯时，加高高家堰，形成绵亘数十里的洪泽湖大堤和20世纪以前中国历史上最大的人工洪泽湖水库，用以调蓄淮河来水，以清口作为出水口冲刷黄河河槽内的泥沙，“蓄清刷黄”，“束水攻沙”，以期解决黄河的泥沙问题，使运河不受倒灌之害，黄淮能顺畅入海，但未获预期效果。此后，在高家堰上曾建闸，分泄淮河洪水入运河，在淮扬运河南段开减水坝与减水河，泄水由芒稻河入长江，是导淮入江的开始。清代靳辅、张鹏翮等仍采用大筑高家堰，大挑清口，在洪泽湖下游开引河，引洪泽湖水冲刷黄河河床;在高家堰上做减水坝，在运河上做归海、归江各坝，分减淮河洪水。以上措施也曾起过一些作用，但因清中期以后，黄河河槽越淤越高，淮水最终不能流出清口，只靠归海、归江各坝排泄，洪水来临，江苏里下河地区一片汪洋，灾难深重。
黄河北徙后时期(1855～1949)。1855年，黄河北徙，与淮河分离，但原淮河下游河道已被黄河泥沙淤塞，形成分水岭地形，沂、沭、泗水系受阻而分流入海。于是，自清末开始，为解决淮河出路，开发淮河水利，出现了多种导淮议论，制定了多种方案。内容可以归为三类:全部入长江计划、全部入海计划和江海分疏计划，先后成立了一些导淮机构。1931年，经当时政府批准，制定了一个“导淮工程计划”，但工程实施不多。1937年，抗日战争爆发后即停工。
1938年6月在郑州花园口决开黄河南堤（见花园口堵口），造成淮河流域黄泛区人民的深重灾难。历时九年，黄河才回归原道。淮北水系冲淤不一，给以后的治理带来许多困难。
这一时期，淮河流域的一些地区进行了部分防洪工程、农田水利以及运河工程建设，修筑了洪泽湖大堤、淮北大堤，整治苏北运河，兴办苏北除涝灌溉工程等。
中华人民共和国成立后，即着手根治淮河，杜绝淮河水患，开发治理淮河的水利工作开始全面实施。（来源：中国水利部网站）